Чтобы удалить конфигурацию из таблицы параметров необходимо в дереве конструирования войти в режим Редактировать таблицу, выделить ячейку с нужным именем конфигурации и выбрать Правка 1#1 Удалить 1#1 Строку.
При удалении вручную, достаточно просто выделить правой кнопкой мыши название конфигурации в Менеджере конфигураций и нажать Удалить.